各地に点在する魔窟に入ると、多数の雑魚を倒したり、ボスを倒すことになる。
それぞれでクリアすると装飾品などが手に入るため、積極的に行ったほうが良い。
| 魔窟 | 推奨
Lv | 内容 | 結界 | 場所 | 報酬 |
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| 忍法影分身百体 | 9～ | 忍100体 | 赤 | 山城 エリア18 | 大食漢の小皿 |
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| 百荒法師結界陣 | 9～ | 怪僧100体 | 赤 | 武蔵 エリア18 | 鎖帷子 |
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| 疫病神 | 16～ | 毛羽毛現1体 | 橙 | 尾張 エリア12 | 檜の数珠 |
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| 山神楽天狗嵐 | 23～ | 烏天狗100体 | 黄 | 遠江 エリア14 | 打出小槌 |
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| 養老ノ滝の蝦蟇蛙 | 29～ | 大蝦蟇100体 | 緑 | 美濃 エリア18 | 伊勢の御守り |
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| 七人の侍 | 36～ | 侍7人 | 水 | 三河 エリア4 | 大和の霊薬 |
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| 雪女郎花魁道中 | 42～ | 雪女35体 | 青 | 飛騨 エリア4 | 鳥頭の毒薬 |
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| 丑三つ時の肝試し | 47～ | 青坊主3体→毛羽毛現1体 | 紫 | 相模 エリア4 | 鳴子 |
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| 大猿忍軍忍亀部隊 | 49～ | 黒猿4体 | 紫 | 伊賀 エリア5 | 忍びの足袋 |
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| 鳥獣戯画 | 50～ | キジ＋猪 | 白 | 甲斐 エリア13 | 餓鬼の小皿 |
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| 柳生一族の陰謀 | 57～ | 忍複数＋雪之丞 | 白 | 大和 エリア17 | 数珠丸恒次 |
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| 鈴鹿峠の大百足 | 64～ | 大百足2匹 | 白 | 伊勢 エリア16 | 大典太光世 |
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| 鬼退治百番勝負 | 78～ | 小鬼→赤鬼＋青鬼→牛頭＋馬頭
→赤鬼＋青鬼＋牛頭＋馬頭 | 白 | 近江 エリア4 | 童子切安綱 |
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| 天に昇竜、地に伏龍 | 71～ | 龍神2体 | 白 | 駿河 エリア6 | 大包平 |
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| 戦国怨霊合戦場 | 85～ | 忍＋鉄砲隊＋落武者
→落武者＋血狂毘沙門3体 | 白 | 信濃 エリア13 | 富山の霊薬 |
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| 百鬼夜行 | 92～ | 忍複数→毛羽毛現1体→鉄砲隊＋毛羽毛現2体
忍複数→黒猿3体
侍複数→侍3体
怪僧複数→怪僧＋青坊主2体
キジ＋猪→天狗→雪女
落武者→落武者＋血狂毘沙門
小鬼→赤鬼＋青鬼→牛頭＋馬頭
(最後の牛頭＋馬頭は、赤鬼×5の場合もあり)
百姫＋鬼助 | 白 | 伊豆 エリア2 | 鳴神の腕輪 |
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